百日战纪最终防卫学园的故事背景设定于陷落后的东京，幸存者们生活在被伪装成天空的防护层覆盖的保护区中。主角拓海和嘉琉亚在一次袭击中遭遇了神秘的白熊sirei，通过自插心脏获得了变身能力以对抗怪物玩具。随后，他们在一个保存着人类最后希望的特殊学园中苏醒，与各具特色的队友一起组队防守，抵御怪物进攻，保护关乎人类存亡的关键宝物。

2、在这样的环境中，女孩嘉琉亚因为父亲的去世，与男主角拓海一起生活（喵喵喵？），这是一种“有妹有房、父母双忙”的豪华升级版（妈妈负责供养，还不断撮合他们）。

3、然而这样的生活无法持续，在一次几乎让我误以为是在看番剧的漫长动画之后，一次袭击中，男女主角遇到了一种类似于《弹丸论破》中黑白熊的白色生物。

他们发现各种巨大的诡异玩具正在大规模屠杀人类，嘉琉亚倒在地上，白熊给了拓海一把奇特的刀，并告诉他：用它刺入自己的心脏，就能获得与怪物对抗的力量！